El gobierno del presidente George W. Bush escogió a Duelfer para concluir la investigación de Estados Unidos sobre los programas de armas biológicas y químicas de Iraq. Duelfer informó que la capacidad del régimen de Saddam Hussein para producir armas nucleares había "decaído progresivamente" desde 1991 y que los inspectores de armas (de Naciones Unidas) no hallaron ninguna prueba de "esfuerzos coordinados para reanudar el programa".
Sin embargo, el informe de Duelfer dijo que Saddam Hussein tenía la esperanza de reanudar algún día su empeño en las armas químicas después que se levantaran las sanciones de Naciones Unidas, pero que durante 12 años no tuvo los medios ni las investigaciones necesarias para fabricar esas armas. Duelfer manifestó que uno de los principales objetivos estratégicos de Saddam Hussein era persuadir a Naciones Unidas a levantar sus sanciones, que habían devastado a la economía del país y que, junto con las inspecciones de armas de Naciones Unidas, lo habían obligado a suspender los programas de armas.
El informe llegó a la conclusión de que Saddam Hussein "aspiraba a "desarrollar una capacidad nuclear" y se disponía a reconstruir armas biológicas y químicas después de que persuadiera a Naciones Unidas para que levantara las sanciones.
El informe de Duelfer es el relato más definitivo del gobierno acerca de los programas de armas de Saddam Hussein, cuya presunto poderío la administración de Bush alegó como la razón primordial de la guerra.
El reporte contradice casi todas las afirmaciones que hicieron funcionarios de la administración de Bush antes de la guerra. Aunque otros informes previos llegaron a conclusiones similares, el de Duelfer fue más allá en cuanto a profundidad, detalles y nivel de certidumbre. "Estuvimos casi totalmente equivocados en Iraq", dijo Duelfer a un comité del Senado.