Los enfrentamientos ocurrieron en el municipio La Hormiga, unos 700 kilómetros al suroeste de Bogotá.
La secretaria de Salud de la localidad, Nora Gómez, informó que en los combates, que se libraron desde el miércoles, han muerto 21 personas, entre ellas dos niñas de 8 y 11 años.
Según el gobernador del departamento del Putumayo, Carlos Alberto Palacio, los cadáveres de dos menores y un civil adulto fueron llevados al Hospital Sagrado Corazón de La Hormiga.
Los demás muertos son guerrilleros de FARC y del grupo paramilitar, que se disputan el control del territorio en esa región del país, que limita con Ecuador y Perú.
Los funcionarios dijeron que algunos heridos fueron llevados a centros médicos de Mocoa, capital del Putumayo, y del Municipio Puerto Asís.