El acuerdo se produjo durante una reunión en Kigali, la capital ruanesa.
Los diplomáticos africanos indicaron que el pacto facilitará el trabajo conjunto para detener a los insurgentes que actúan en las diferentes regiones.
Durante décadas, los tres estados han mantenido relaciones volátiles.
Rwanda y Uganda enviaron tropas a territorio congolés para apoyar a los rebeldes en la guerra civil de cinco años que finalizó en el 2002.
A raíz de estas acciones militares, se acusaron entre sí por el supuesto respaldo a los bandos opuestos.